Histoire:  2 ans après la mort de Sin, Spira reprend peu à peu un cours de vie normal, sans la crainte de voir Sin surgir et détruire des vies, des villages. Mais Sin était la seule préoccupation de Spira, et depuis sa mort, Spira s' ennuie, et la tension monte. Les bannisseurs n' ont plus de préoccupation, ils ne tiennent plus en place. La plupart se sont réunis dans une sorte de clan, la Ligue des Jeunes. L' ordre de Yevon n' est plus, mais un nouvel ordre le remplace, Néo-Yevon. Ils sont pour la plupart formés d' anciens Yevonistes.

Et maintenant, tout ce beau monde cherche à connaître le passé en recherchant des sphères récélant des vidéos du passé. En plus des ces 2 ordres, ils se forment aussi des clans, appelés chasseurs de sphères, qui font cavalier seul.

Le plus connu de ces clans et le gang Leblanc, présent presque de partout sur Spira.

Et Yuna dans tout ça? Après avoir tué Sin, celle-ci est revenu à Besaid. Mais par la suite, Rikku est venu la voir. Elle a trouvé au cours d' une mission pour son clan de chasseurs de sphères, les Albatros, une sphère spéciale. Sur cette sphère, on voit un individu ressemblant beaucoup à lui. Elle décide donc de rejoindre les Albatros afin d' essayer d' en savoir plus, en éspérant trouver des sphères sur lui et peut-être le ramener. Elle rejoint donc Rikku, Frangin qui est le leader des albatros, Poto un copain a Frangin, et Paine, troisième héroine de Final Fantasy X-2.

Il y a aussi un groupe d' Al bhed qui c' est formé. Ceux-ci cherchent des pièces d' anciennes machines dans le désert en le fouillant, afin de construire de nouvelles machines. Ils s' appellent les Pro-Makinas. Ils recrutent des gens qui veulent bien fouiller dans le désert.

Ces 3 grands groupes, Ligue des Jeunes, Néo-Yevon et Pro-Makinas ont chacun un Leader qui auront un rôle dans ce nouvel opus, respectivement Nooj, Baralai et Gippel.

Yuna : 19 ans
vétisphère par defaut : tireuse
Après avoir vaincu Sin. Yuna revint chez elle à Besaid. Malgré
la quiétude des journées qui passèrent, quelque chose
semblait lui manquer dans sa paisible existence. C'est alors
que Rikku lui montra une mémosphère et lui donna une
raison de partir pour un nouveau voyage.
Yuna peut désormais revivre une aventure trépidante en tant
que chasseur de sphère. Mais les vieilles habitudes ont la vie
dure : Yuna ne peut pas abandonner les personnes qui ont besoin de son aide.

Rikku : 17 ans
vétisphère par defaut : voleuse.
Après avoir aidé Yuna à vaincre Sin deux ans plus tôt. Rikku a voyagé
avec d'autres Al Bheds sur toute la suface de Spira, enseignant aux
gens tout ce qu'elle sait sur les makinas. Pendant la "pseudo-quête
pour la vérité" qui s'est propagée sur Spira après la défaite de Sin, un
groupe d'Al Bheds a rejoint les rangs des chasseurs de sphère. Avec
leur vaisseau, le Celsuis, qui leur sert de base d'opérations, Rikku, Poto
et Frangin ont fondé les Albatros (Gold Wings). Depuis que Rikku a proposer à Yuna
de se joindre à eux, les deux amies voyagent ensemble. Comme
toujours, l'extraordinaire dynamisme de Rikku redonne de l'entrain
à toute l'equipe.

Paine : 18 ans
vétisphère par defaut : guerrière.
Paine est armée d'une épée qu'elle tient à une seule main et son
tempérament est généralement peu anthousiaste. Il semble qu'elle ait décidé
de se joindre aux Albatros à la suite d'un événement qui l'a marquée. Mais
personne parmi les Albatros ne sait exactement de quoi il s'agit. Les
cabrioles souvent ridicules des Albatros déclenchent des remarques
sarcastiques de la part de Paine, mais personne ne s'en préocupe vraiment

Nooj : 21 ans
Le "meyvn" (chef) de la Ligue des Jeunes. C'est un ancien bannisseur qui,
déçcu par les actions de Néo-Yevon, a fondé la Ligue des Jeunes. Il a perdu
son bras e sa jambe gaucges dans un combat contre Sin. La Ligue étant
en grande partie constitué de jeunes au caractère emflamé, celle-ci a
tendance à s'attirer des ennuis.